◆ ミシロタウン

・名前を決める
・トラックから出る
・自分の部屋の時刻を合わせ、自分のパソコンからキズぐすりを出す。
・オダマキ博士の研究所へ行く
・ライバルの家の2階に行き、モンスターボールを調べる
・101ばんどうろへ

◆ 101ばんどうろ

・ポケモンを選択し、オダマキ博士を助ける
・ポケモンをもらい、コトキタウンへ

◆ コトキタウン

・外出中の住民にキズぐすりをもらう
・103ばんどうろへ

◆ 103ばんどうろ

・ライバルと雌雄を決する
・ミシロタウン研究所に戻る

◆ コトキタウン

・通過

◆ 101ばんどうろ

・通過

◆ ミシロタウン

・オダマキ博士にポケモン図鑑をもらう
・ライバルにモンスターボールをもらう
・おかあさんにランニングシューズをもらう
・102ばんどうろへ

◆ 102ばんどうろ

・とくにないので通過

◆ トウカシティ

・ポケモンジムへいく
・ミツルと共にポケモンをゲットする。
・104ばんどうろへ

◆ 104ばんどうろ

・通過

◆ トウカのもり

・アクア団したっぱとバトル。(ルビーの場合マグマ団。サファイア・エメラルドはアクア団)

◆ 104ばんどうろ

・フラワージョップでホエルコじょうろをもらう
・通過

◆ カナズミシティ

ジムリーダーと戦う。
・民家でひでんマシン01(いあいぎり)をもらう
・116ばんどうろへ

◆ 116ばんどうろ

・通過

◆ カナシダトンネル

・アクア団したっぱと戦闘。(同じくルビーはマグマ団、サファイア・エメラルドはアクア団。)
・デボンのにもつを入手し、デボンコーポレーションへ

◆ カナズミシティ

・デボンコーポレーションへいく
・社長にポケナビをもらう
・ポケナビにエントリーコールを搭載する。
・ライバルと勝負する。
・104番どうろへ

◆ 104ばんどうろ

・ハギろうじんに船を出してもらう
・ムロタウンへ

◆ 105ばんすいどう

・通過

◆ 106ばんすいどう

・通過

◆ ムロタウン

ジムリーダーと戦う
・いしのどうくつへ

◆ 106ばんすいどう

・通過

◆ いしのどうくつ

・内部にいる人にひでんマシン05(フラッシュ)をもらう。
・ダイゴに出会い、わざマシン47をもらう
・カイナシティへ向かう

◆ ムロタウン

・ハギろうじんに話しかける
・カイナシティへ

◆ 107ばんすいどう

・通過

◆ 108ばんすいどう

・通過

◆ 109ばんすいどう

・通過

◆ カイナシティ

・博物館へ行く。
・2Fにいるクスノキ博士と会話。
・アクア団したっぱと2回戦闘
・クスノキ博士にデボンのにもつを渡す。
・1Fで、わざマシン46を入手
・110ばんどうろへ進む

◆ 110ばんどうろ

・オダマキ博士と出会う
・ライバルと戦闘になる。
・ダウジングマシンを受け取り、キンセツシティへ。

◆ キンセツシティ

・ジム前のミツルと勝負する
・ジムに入り、ジム戦となる
・フレンドリィショップの右の民家にてひでんマシン06をもらう。

◆ 117ばんどうろ

・通過

◆ シダケタウン

・カナシダトンネルで岩を砕き、開通させてひでんマシン04(かいりき)を入手
・111ばんどうろへ行きそのままハジツゲタウンへ

◆ 117ばんどうろ

・通過

◆ キンセツシティ

・通過

◆ 111ばんどうろ

・通過

◆ 112ばんどうろ

・通過

◆ ほのおのぬけみち

・通過

◆ 111ばんどうろ

・通過

◆ 113ばんどうろ

・はいぶくろをもらう
・通過

◆ ハジツゲタウン

・りゅうせいのたきへ行くため通過

◆ 114ばんどうろ

・通過

◆ りゅうせいのたき

・マグマ団したっぱがいんせきを奪って逃走。

◆ 114ばんどうろ

・通過

◆ ハジツゲタウン

・通過

◆ 113ばんどうろ

・通過

◆ ほのおのぬけみち

・通過

◆ えんとつやま

・マグマ団したっぱを一掃する
・マグマ団幹部ホムラと戦闘
・マグマ団リーダーマツブサを戦闘
・装置からいんせきを取り戻し、下山し、フエンタウンを目指す。

◆ デコボコさんどう

・通過

◆ フエンタウン

・温泉おばあさんにタマゴを預かる
ジムリーダーと勝負する
・ライバルが出現し、ゴーゴーゴーグルをくれる
・トウカシティへ。(以下は最短ルートのトウカへの戻り方を示す。)

◆ 112ばんどうろ

・通過

◆ さばく

・ゴーゴーゴーグルのおかげで入れるようになる。

◆ 111ばんどうろ

・通過

◆ キンセツシティ

・通過

◆ 117ばんどうろ

・通過

◆ シダケタウン

・通過

◆ カナシダトンネル

・通過

◆ 116ばんどうろ

・通過

◆ カナズミシティ

・通過

◆ 104ばんどうろ

・通過

◆ トウカのもり

・通過

◆ 104ばんどうろ

・通過

◆ トウカシティ

・お父さん、つまりジムリーダーと戦うことになる。
・ジム戦ののち、ミツルの家に向かい、ひでんマシン03(なみのり)をもらう。
・キンセツシティへ戻る。(以下は最短ルートを示す)

◆ 102ばんどうろ

・通過

◆ コトキタウン

・通過

◆ 103ばんどうろ

・通過(要なみのり)

◆ 110ばんどうろ

・通過

◆ キンセツシティ

・118ばんどうろへ。

◆ 118ばんどうろ

・通過

◆ 119ばんどうろ

・通過

◆ てんきけんきゅうじょ

・アクア団したっぱと戦闘になる。
・アクア団幹部イズミと戦闘になる。
・ポワルンをもらい、ヒワマキシティへ

◆ 119ばんどうろ

・ライバルが出現、戦闘になる。
・戦闘後、ひでんマシン02(そらをとぶ)をもらえる。

◆ ヒワマキシティ

・通過

◆ 120ばんどうろ

・橋付近にダイゴがいるので、デボンスコープをもらう。
・ヒワマキへ戻る。

◆ ヒワマキシティ

ジムリーダー戦になる。

◆ 120ばんどうろ

・通過

◆ 121ばんどうろ

・通過

◆ ミナモシティ

・デパート前のライバルと戦闘。
・おくりびやまへいく

◆ 121ばんどうろ

・通過

◆ 122ばんすいどう

・通過

◆ おくりびやま

・外側から頂上を目指す。
・アクア団したっぱを撃破していく。
・マグマのしるしを入手。
・デコボコさんどうへ

◆ デコボコさんどう

・山道中腹部辺りでマグマのしるしを使用する。
・マグマ団アジトが出現する。

◆ マグマだんアジト

・マグマだ団したっぱを撃破。
・マグマ団幹部ホムラを撃破
・マグマ団リーダーマツブサを撃破
・グラードンに出会う。…が逃げられる
・とりあえずカイナシティへ向かう

◆ カイナシティ

・クスノキ博士に会いに行くため、船乗り場に向かう。
・アクア団が船を奪うため、ミナモシティのアクア団アジトへ向かう。

◆ ミナモシティ

・アクア団アジトへ行く。

◆ アクアだんアジト

・アクア団したっぱとの戦闘。
・アクア団幹部のウシオと戦闘。
・逃げられるため、追うためにトクサネシティへ

◆ 124ばんすいどう

・通過

◆ トクサネシティ

ジムリーダーと対峙する。
・うちゅうセンターへ向かい、マグマだんしたっぱを撃破。
・マグマ団幹部ホムラを撃破
・マグマ団リーダーマツブサを撃破
・ダイゴにひでんマシン08(ダイビング)をもらい、いざ海底洞窟へ

◆ 127ばんすいどう

・通過

◆ 128ばんすいどう

・ここでダイビングを使用する。

◆ かいていどうくつ

・アクア団したっぱを撃破。
・アクア団幹部イズミを撃破。
・アクア団リーダーアオギリを撃破。
・カイオーガに出会う。…が逃げられる。
・カイオーガ・グラードンを追うためにルネシティへ向かう。

◆ 126ばんすいどう

・通過

◆ ルネシティ

・ムービー開始。
・ダイゴに話しかけてイベント続行。
・ミクリに出会い、そらのはしらへ行かされる。

◆ 126ばんすいどう

・通過

◆ 127ばんすいどう

・通過

◆ 128ばんすいどう

・通過

◆ 129ばんすいどう

・通過

◆ 130ばんすいどう

・通過

◆ 131ばんすいどう

・通過

◆ そらのはしら

・最上階へ上る。(ただし、この際、マッハ自転車が必要となる。)
・レックウザを解き放つ。
・ここで、一旦キナギタウンへ向かうとよい。

◆ 131ばんすいどう

・通過

◆ キナギタウン

・特にイベントはないが、そらをとぶで行けるようにしておく。
・ルネシティへ。

◆ ルネシティ

・ムービー開始。
・レックウザ・カイオーガ・グラードンが立ち去る。
・マツブサ・アオギリと会話をする。
・ミクリにひでんマシン07(たきのぼり)をもらう。
ジムリーダー戦になる。
・いざ、ポケモンリーグへ。

◆ 126ばんすいどう

・通過

◆ 127ばんすいどう

・通過

◆ 128ばんすいどう

・通過(要たきのぼり)

◆ サイユウシティ

・チャンピオンロードへ

◆ チャンピオンロード

・ミツルに出会う。(エメでは、入り口付近、ルビサファでは出口付近。)

◆ サイユウシティ

・北のポケモンリーグ本会場へ。

◆ ポケモンリーグ

カゲツと対戦
フヨウと対戦
プリムと対戦
ゲンジと対戦
チャンピオン ミクリと対戦(ルビサファではダイゴ)

◆ エンディング

・エンディングを見て、新たな旅立ちへ。
・エンディング後のストーリーもあるので存分に楽しみましょう。